康熙三十五年（ 1696年），哈密维吾尔族首领额贝都拉摆脱准噶尔部归附清朝后，于康熙三十七年（1698年）秋进京，第二年返回时，从京城请来了汉族工匠设计修建王府和回城，费时7年方竣工。重建后的王府规模宏大，建筑构造既体现了伊斯兰古典建筑的艺术风格，又融合了汉族建筑艺术的特点。王府土墙高台，琉璃瓦顶，飞檐斗拱，园林交错，是当代新疆境内规模最大，最有特色的一座宫廷建筑。后又经过几代回王的修缮加工和经营扩建。至七世回王伯锡尔时，已成为一个宅园相连，宏伟壮观的园林建筑群。清代诗人萧熊曾感叹到：“王宫台榭旧繁华”，并且他在《西疆杂述诗》中又对回王府有较为详细的追述：“王府在城东隅，附墙筑台，高出城墙，山门内，正宅三层，皆在平地，宅之右，即拾级登台，台上屋舍回环，悬窗下瞰，其内院也。宅左，步长廊，更进一门，则园林在焉，亭台数座，果树丛杂，名花异草，盆列成行，俨然内地风景。皆老王伯锡尔在京养六年，屡以重价搜求，远道载归者”。同治五年（ 1864年），农民起义军攻入王府，处死伯锡尔并烧毁王府。后默哈莫特在清军扶植下嗣位。但在同治十二年秋，陕西回民义军白彦虎攻进回城，王府又遭掠夺。