中国科学院西双版纳热带植物园建有38个植物专类区： 热带雨林区占地面积约80公倾，用于对西双版纳及周边地区植物的迁地和就地保护，包括姜园、天南星园、兰园、蕨类植物区、野花区等7个热带植物专类园/区，保存有种子植物2000余种，其中稀有、濒危植物100余种。 百竹园建于1965年，面积104亩，引种栽培竹子250余种。收集有云南南部、广东、广西、海南以及东南亚热带国家的竹类。 国树国花园于1999年建立，按世界六大洲进行规划分区，即分为亚洲、南美洲、北美洲、大洋洲、非洲、欧洲六个区。共占地20亩，收集展示了适宜本地生长的80个国家的58种国树国花。 滇南热带野生花卉园占地31亩。主要收集了滇南地区(泛指云南热带和南亚热带)野生花卉的种质资源，收集保存野生观赏花卉65科约250种。 珍惜濒危植物迁地保护区占地面积90公倾， 于1974年划地保护与建设，旨在珍稀濒危植物及热带雨林多样性的保护与研究。通过几十年的收集、保护与建设，区内现有高等植物3000余种，其中引种植物约1500种，保存有100多种国家珍稀濒危植物和重点保护植物。 野生兰园占地面积9.08亩，于2000年建立，以保护和研究兰花资源为宗旨，主要从事兰科植物的引种驯化、保存培育及生物学特性等方面的研究。 奇花异木园建于1999年，占地面积12亩，主要收集热带各种奇花异木，并用园林园艺的方式向公众进行展示，对普及植物学和生态学知识起到了重要的作用。 水生植物园水面面积15亩，收集和展示热带地区种类繁多的水生植物，现收集保存了约100种(品种)。该园按照水体深浅等水湿小环境和植物生态习性分别种植了不同生活形态的水生植物，包括:浮叶植物--植物根系或地下茎扎根水底，茎生长于水中，叶柄长度可随水位而伸长，叶及花朵浮在水面上的水生植物，如王莲、睡莲、芡实、萍蓬草。
